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「私が奪った、あなたのかけがえのない人の命を―」。
突然、上野香澄（平岩紙）から告げられた晴原柑九朗（山下智久）。戸惑う雲田彩（出口夏希）。上野は５年前の関東南部豪雨の時、園部灯（本田翼）と一緒にいたこと、そして灯の指示通りに行動した人たちは皆助かっていたことを打ち明ける。無線でその話を聞いていた園部優吾（水上恒司）と汐見早霧（夏帆）は、なぜ灯が危険を冒してでもその場を離れたのか上野に尋ねる。そんな中、指揮車両にアラートが鳴り響いた。

海上竜巻に巻き込まれた気象観測船と漁船が接触事故を起こした。さらに観測船は多量の水蒸気を観測していた。晴原は、「その水蒸気が線状降水帯を生みだし、東海地方で集中豪雨が起きる」と予測する。園部肇一（舘ひろし）が『国際防災会議』で不在の中、現場の指揮のみで動くことになったSDMメンバー。要救助者の気象観測船 船長・保科正樹と晴原は連携を取る。

船内では幾度となく危険にさらされる中、晴原は混乱している要救助者を勇気づけ遠隔での解析にあたる。そして、集中豪雨の危機も迫る中、園部の代わりに立花藍（真矢ミキ）が指揮を執ることに。
それぞれの悩みや、想いがある中、SDMの総力をかけ対応にあたるのだが…。